Tokubetsu Jōnin to ninja przewyższający Chūnin'a lecz nie posiadający jeszcze odpowiednich kwalifikacji aby zostać Jōnin'em posiadający wyjątkowe umiejętności oraz szczegółową wiedzę w konkretnym aspekcie zdolności ninja.

Na początku gry można wybrać sobie wrodzoną umiejętność (jedynie dla osób bez Kekkei Genkai)...
- zwiększone pokłady chakry - nasze naturalne zasoby chakry zwiększają się o 50% (mamy 150% na początku gry)
- szybkie przemieszczanie, większa zręczność w omijaniu ataków
- niesamowita siła fizyczna, coś a'a Jiroubo, dobre dla użytkowników mieczy
- szukanie, wyczuwanie obcych w bardzo dużej odległości (Karin)
(osoby z postaciami kanonicznymi wybierają umiejętność ich postaci, tzn szybkość Yondaime, czy siłę Jiraiyi/Juugo)


....a potem, po awansowaniu na rangę TJ specjalizację:
- Mistrz Kontroli Chakry - nasze techniki zabierają mniej chakry
- Mistrz Taijutsu - większa szybkość, zręczność oraz siła fizyczna, mniejsza podatność na obrażenia bronią białą oraz ataki Taijutsu.
- Mistrz Genjutsu - techniki genjutsu zabierają mniej chakry, łatwiej jest się z nich także wydostać/przełamać
- Mistrz Kenjutsu - ciosy zadawane kataną bądź inną bronią białą są szybsze i trudniejsze do odgadnięcia (coś a'la Killerbee), można używać jednocześnie dwóch mieczy.
- Mistrz Bukijutsu - celność w rzutach i szybkości kunai, shuriken jak Tenten
- Mistrz Fuujutsu - szybsze wykonywanie pieczęci oraz wykonywanie ich jedną ręką [niemożna wykonywać dwóch jutsu naraz wyjątek Soma no Ko*, Shokubutsu Kifuu**]

*Mistrz wykonywania pieczęci u osób mających Soma no Ko:
Więc jest tak nasza lewa ręka wykonuje jutsu prawa ręka brata wykonuje jutsu prawa ręka nasza i lewa ręka brata wykonuje jutsu tak jakby jeden brat wykonał 2ema rękami takie synchro...
**Mistrz wykonywania pieczęci u osób mających Shokubutsu Kifuu:
Jedna jaźń robi jedno jutsu druga jaźń robi drugie jutsu

Ze względu na to każdy Tokubetsu Jōnin ma sobie wybrać jedną specjalizacje.
Sage/Kage mogą mieć dwie specjalizacje.